Für 2007 schonmal angekündigt beginnt nun endlich der Umbau des Bahnhofs Ebersberg. Vor etwas mehr als 10 Jahren wurden die Reste das Ladegleises zwischen dem Park & Ride Platze und Gleis 1 entfernt sowie Gleis 1 zum Stumpfgleis gemacht. Bis dahin konnten Züge von und nach Wasserburg beide Gleise benutzen, nun steht nur noch Gleis 2 zur Verfügung. Zugbegegnungen und damit ein dichterer Takt sind somit derzeit nicht möglich.

Nun wird Gleis 1 etwas nach Norden versetzt – dort war ja das oben erwähnte Ladegleis, es ist also Platz – und der Bahnsteig wird entsprechend verbreitert und auf die normale Höhe der S-Bahnen angehoben. Während der ersten Hälfte der Bauarbeiten verkehren die Züge Wasserburg – Grafing Bf nur bis Ebersberg, die bis München durchgebundenen Züge sowie die S-Bahnen verkehren normal.

Leider wird der sogenannte „Westzugang“ mit Fußgängerunterführung aus Kostengründen nicht realisiert und somit bleibt Gleis 1 wahrscheinlich weiterhin ein Stumpfgleis mit entsprechenden Einschränkungen für flexibleren Verkehr. Bleibt zu hoffen, dass der für 2013 geplante Begegnungsbahnhof in Steinhöring planmäßig angegangen wird und ab dann ein dichterer Takt möglich wird.